Postoje tri metode za programiranje CNC alatnih mašina: ručno programiranje, automatsko programiranje i CAD/CAM obradni centar.
Ručno programiranje: Ovo uključuje ručnu analizu crteža dijelova, tehnika obrade, izvođenje numeričkih proračuna, pisanje programskih lista i unos i verifikaciju programa. Pogodan je za mašinsku obradu od tačke-do{2}} ili delove sa relativno jednostavnom geometrijom; međutim, to je veoma-zauzeto vrijeme i sklono greškama prilikom programiranja složenih dijelova.
Automatsko programiranje: Ovo uključuje korištenje računara ili stroja za programiranje za završetak procesa kreiranja programa dijelova. Vrlo je pogodan za složene dijelove.
CAD/CAM: Ovo koristi CAD/CAM softver za postizanje automatskog programiranja zasnovanog na modeliranju i slikama. Najtipičniji softver je MasterCAM, koji može programirati operacije glodanja koristeći dvije-ose, tri-osne, četiri-osne i pet-osne koordinatne sisteme, kao i tokarenje i žičanu EDM. Iako ovaj tip softvera ima ograničenu funkcionalnost, jednostavan je za učenje i relativno jeftin.
